De Delftsche Wonderdokter, geschreven in 1870, is een historische avonturenroman die zich afspeelt in 1595. Het verhaal ontrolt zich tegen de achtergrond van de Tachtigjarige Oorlog en de reformatie, met als hoofdrolspelers een mysterieuze vreemdeling, een Delftse dokter en diens nichtje.

Juliaan is een "kale jonker" - een jongeman van goede huize, die aan lager wal is geraakt. Mabelia Graswinckel is een Delfts meisje dat beloofd is als bruid aan haar neef Antony Hogenhoeck. Haar oom Dokter Graswinckel (oftewel de Delftse Wonderdokter, ook wel Jacob Janz Boot genoemd) is een arts, die leeft als een kluizenaar en bekend staat als een weldoener voor de armen.
Juliaan, die met een berooid groepje huursoldaten door het land trekt op zoek naar werk, krijgt van een geheimzinnige weldoener het aanbod van een mooie beloning, als hij en zijn troep een opdracht uitvoeren. Dat is nog maar het begin van een avontuur vol verwikkelingen.