Jacob de Zoet se encuentra en Deshima, el único enclave comercial japonés que durante el período Edo permite la presencia extranjera. Este joven holandés espera poder reunir en cinco años el dinero suficiente para casarse con la bella Anne. Sin embargo, su estancia se complica cuando conoce a Orito, una hermosa e inteligente comadrona que tras la muerte de su padre, el prestigioso doctor Aibagawa, desaparece misteriosamente. En medio de las intrigas de comerciantes, timadores y colegas cuyo proceder parece haberse contagiado del oscuro clima de la isla, Jacob intentará descifrar el contenido de un misterioso pergamino que parece contener la clave para comprender la desaparición de Orito, su amor prohibido, y los secretos que rodean a la enigmática hermandad del monte Shiranui.
